城市发展，交通先行。提升都市圈一体化水平，交通一体化必然是首要抓手。按照《意见》给出的定义，都市圈的基本范围，就是覆盖以超大特大城市或大城市为中心的1小时通勤圈。
《意见》要求加快打通“断头路”，推进“瓶颈路”改造扩容，全面取缔跨行政区道路非法设置限高、限宽等路障设施。同时，鼓励地方对高频次通行车辆实施高速公路收费优惠政策，加快推广ETC应用，推动取消高速公路省界收费站。
而轨道交通将成为未来都市圈交通的骨干。《意见》明确，在有条件地区编制都市圈轨道交通规划，推动干线铁路、城际铁路、市域（郊）铁路、城市轨道交通“四网融合”。探索都市圈中心城市轨道交通适当向周边城市（镇）延伸，并大力发展市域（郊）铁路，推动中心城市、周边城市（镇）、新城新区等轨道交通有效衔接。
事实上，多个都市圈已经在大力构建“轨道上的都市圈”。比如南京近期印发的《南京都市圈一体化高质量发展行动计划》中提出，要构建以南京为中心的“米”字形高铁网络，实现都市圈内主要城市半小时高铁通达。而上海的地铁几年前就已经修到了江苏昆山。
此外，《意见》还支持毗邻城市（镇）开行城际公交，加快推动近郊班线公交化，并要求加快推进都市圈内城市间公交一卡互通、票制资费标准一致。
